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H5py支持Parallel HDF5

环境

操作系统:OS X 10.11.6

Python版本:3.6.5

安装HDF5

使用 Homebrew 安装 HDF5,注意要开启 mpi 编译选项

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$ brew install hdf5 --with-mpi

安装mpi4py

官网教程在使用 Parallel HDF5 时会用到 mpi4py 这个包,直接使用 pip 安装即可

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$ pip3 install mpi4py

Note: 安装遇到一个问题是,如果之前安装过这个包,现在卸载再安装这个包时,pip 不会重新编译这个包,此时需要 --no-cache-dir 这个选项。

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$ pip3 install --no-cache-dir mpi4py

安装h5py

直接使用 pip 安装 h5py 是不会开启 Parallel HDF5 的,需要添加一些编译选项,参考官网安装教程,运行命令

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$ export CC=mpicc
$ export HDF5_MPI="ON"
$ pip3 install --no-binary=h5py h5py

同前面所诉,如果需要重新编译这个包,需要用到 --no-cache-dir 这个选项

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$ pip3 install --no-cache-dir --no-binary=h5py h5py